La Facultad de Ingeniería Civil cuenta con el Centro de Investigaciones Hidráulicas (CIH) y el Centro de Estudios de Construcciones y Arquitectura Tropical (CECAT), donde se encuentran los departamentos docentes de Ingeniería Hidráulica en el primero e Ingeniería Civil y Viales en el segundo, existen además otros dos departamentos docentes; Geociencias y Matemática.  Mediante estas áreas se dirigen y desarrollan las investigaciones de la Facultad, las mismas organizan su trabajo por Grupos de Investigación que responden a diferentes líneas que abordan las temáticas fundamentales en las esferas de las construcciones, los recursos hidráulicos, la búsqueda y extracción de recursos minerales, el estudio de los problemas ambientales, la reducción de desastres y la enseñanza de las matemáticas.

A continuación se mencionan esos grupos, así como las líneas de investigación priorizadas.