El sistema de evaluación del Programa de Doctorado estará integrado por dos categorías. La primera corresponde a la parte lectiva, o sea, viene dada por las evaluaciones propias de los cursos y la segunda se dirige a la parte del trabajo investigativo del aspirante.

Observaciones:
Aquellos aspirantes que presenten documentación oficial ante el Comité de Doctorado respecto a cursos recibidos (duración, contenido y profesor) eventos o reuniones científicas, etc., podrán convalidar los correspondientes créditos según decida el Comité.

En el caso de los aspirantes egresados de la Maestría Ingeniería de los Procesos Biotecnológicos, que ostenta la condición de Programa Acreditado Nacionalmente e Internacionalmente por la AUIP, convalidarán algunas de las asignaturas de la parte lectiva a criterio del Comité de Doctorado, cuando tengan menos de 5 años de graduados de ésta.  Esto se justifica por cuanto el contenido de los cursos de la Maestría garantiza el cumplimiento del programa de la especialidad.

Las predefensas de los aspirantes del programa deberán realizarse en la Cujae o en la Universidad Central de Las Villas, esto es en los centros universitarios que auspician el programa o participan en él.