El CIH fue fundado en diciembre de 1969 a partir del Departamento de Hidráulica de la entonces Escuela de Ingeniería Civil, Facultad de Tecnología, Universidad de La Habana, como parte de la política emprendida por la Universidad de La Habana para dar respuesta a las tareas derivadas del llamamiento de Fidel ante la necesidad que tenía el País de universalizar la Universidad. Es decir, que en este caso, el País necesitaba que la Universidad se saliera de su sede académica y pusiera a sus profesores y estudiantes en función del desarrollo hidráulico del País.

Consecuentemente, sus principales objetivos fueron los siguientes:

• Atender todo lo relacionado con el desarrollo de la carrera de Ingeniería Hidráulica, tanto en el pregrado como en el postgrado.
• Apoyar el trabajo profesional de Ingeniería Hidráulica en el País.
• Realizar investigaciones científicas en el campo de la Ingeniería Hidráulica.

Desde sus primeros años de trabajo, el CIH ha venido jugando un papel fundamental de apoyo al desarrollo hidráulico del País. Actualmente, como resultado de cambios institucionales ocurridos en la Educación Superior, el CIH está adscrito a la Facultad de Ingeniería Civil del Instituto Superior Politécnico “José Antonio Echeverría”.