Las principales líneas de investigación, dentro de las que se enmarcan los proyectos de investigación y productividad científica del CIH relacionados en la caracterización hecha anteriormente, son las siguientes:

• Hidrología superficial y subterránea ( RH, IR ).

• Aprovechamiento y gestión de los recursos hidráulicos ( RH ).

• Diseño de obras y conjuntos hidráulicos ( OH ).

• Abastecimiento, evacuación y tratamiento de aguas ( AETA ).

• Equipos y dispositivos hidráulicos ( IR, OH, AETA ).

• Desarrollo de la hidroenergía de pequeña escala ( RH, OH ).

• Obras costeras, marítimas y portuarias ( HM ).

• Hidroinformática: gestión de datos, simulación y automatización (RH, HM, IR, AETA).